bedtools是一款非常强大的用于处理bed，vcf，gff等格式数据的工具，该软件由犹他大学的Quinlan实验室开发。但是目前bedtools主要提供的是在linux，unxi等操作系统环境下的“命令行”运行方式，然而，对于想要使用R语言进行bedtools命令操作的科研人员来说就显得比较麻烦。今天，我就给大家介绍一款由北卡罗来纳大学教堂山分校开发的R语言版本的bedtools--bedtoolsr。话不多说，直接上干货。

• 安装bedtoolsr

 install.packages("devtools")
 devtools::install_github("PhanstielLab/bedtoolsr") # 首次使用需要安装

• 加载bedtoolsr

library(bedtoolsr)

• 生成测试数据

A.bed <- data.frame(chr = c("chr1", "chr1", "chr3"), start = c(10, 100, 50), end = c(40, 150, 110))
B.bed <- data.frame(chr = c("chr1", "chr5"), start = c(20, 60), end = c(35, 80))
print(A.bed)
#   chr start end
#1 chr1    10  40
#2 chr1   100 150
#3 chr3    50 110
print(B.bed)
#   chr start end
#1 chr1    20  35
#2 chr5    60  80

• 调用方法，这里主要介绍两种。bedtoolsr的函数跟bedtools的方法几乎是一一对应的。甚至函数名，参数名几乎都一样。因此，可以即便是新手，也可以快速入手bedtoolsr。下面以intersect方法为例，讲解调用方法。

#调用方法一
bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed)
#output
#    V1 V2 V3
#1 chr1 20 35
#调用方法二
bedtoolsr::bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed)
#output
#    V1 V2 V3
#1 chr1 20 35
#intersect所有参数
#       a,
#       b,
#       wa = NULL,
#       wb = NULL,
#       loj = NULL,
#       wo = NULL,
#       wao = NULL,
#       u = NULL,
#       c = NULL,
#       C = NULL,
#       v = NULL,
#       ubam = NULL,
#       s = NULL,
#       S = NULL,
#       f = NULL,
#       F = NULL,
#       r = NULL,
#       e = NULL,
#       split = NULL,
#       g = NULL,
#       nonamecheck = NULL,
#       sorted = NULL,
#       names = NULL,
#       filenames = NULL,
#       sortout = NULL,
#       bed = NULL,
#       header = NULL,
#       nobuf = NULL,
#       iobuf = NULL,
#       output = NULL

• bedtoolsr中所有的函数